Die steilen Hänge der Einödsberg-Alpe wurden noch bis ins 20. Jahrhundert gemäht und teilweise mit Rindern bestoßen. Seit den 70er Jahren und bis 1999 wurde das Gebiet mit über 2000 Schafen beweidet. Die intensive und unkontrollierte Beweidung durch die Schafe hat die Pflanzendecke vor allem im Gratbereich stark verändert und degradiert.

Nach dem im Jahr 2000 vollzogenen Besitzerwechsel stellte sich für die zuständigen Behörden die Frage, ob auf der Alpe, die ja innerhalb des Schutzgebiets „Allgäuer Hochalpen“ liegt, noch Nutzung durch Beweidung stattfinden sollte, ob Pflege- oder Managementmaßnahmen notwendig wären, oder ob man das Gebiet sich selbst und damit einer natürlichen Entwicklung überlassen sollte.

Nach kontroverser Diskussion unter Beteiligung des Besitzers, dem Landesbund für Vogelschutz e.V. Bayern, der Naturschutzbehörden, dem Alpwirtschaftlichen Verein und der Regierung von Schwaben wurde beschlossen eine extensive Beweidung mit Jungrindern zuzulassen. Es wurde eine Alpgenossenschaft Einödsberg gegründet und ein erfahrener Hirte eingestellt. 2001 wurde erstmals im engeren Bereich zwischen Vorderer und Hinterer Alpe mit Rindern beweidet. Der Hirte praktizierte eine geplante und kontrollierte Weideführung, zäunte variabel aus, um die zur Verfügung stehende Weidefläche möglichst gleichmäßig zu bestoßen und Standweiden zu vermeiden.

Naturschutzfachliches Ziel war und ist es, Flora und Vegetation der subalpinen Rasen zu regenerieren und gleichzeitig eine traditionelle Nutzung zu erhalten. Von Beginn an waren wissenschaftliche Begleituntersuchungen vorgesehen und Vegetationskundler und Zoologen in die Planung einbezogen.